Johann David Heinichen wurde am 17. April 1683 in Krössuln als Sohn des dortigen Pastors geboren.

Bereits mit 13 Jahren brachte er in der Umgebung eigene Kompositionen zu Gehör. Am 30. März 1696 wurde er in die Thomasschule aufgenommen  und erhielt dort eine gymnasiale Ausbildung und auch Musikunterricht. Thomaskantor war derzeitig noch Johann Schelle.

Johann Kuhnau unterrichtete ihn privat im Orgel- und Cembalospiel. Nach Abschluss der Schulbildung begann er mit dem Jurastudium an der Leipziger Universität. Ob er jemals aber auf diesem Gebiet tätig war, ist nicht bekannt.  Gleichzeitig spielte er im, von Georg Philipp Telemann geleiteten, „Collegium musicum“. Über Johann Philipp Krieger, hatte er Kontakt zum Weißenfelser Hof.

1709 hatte er eine Anstellung am Naumburger Opernhaus. Naumburg gehörte zum Herzogtum Sachsen – Zeitz mit dem regierenden Herzog Moritz Wilhelm an der Spitze. In den Jahren 1710 bis 1716 finden wir ihn in Italien wieder, wo er auch Kontakte zum sächsischen kurfürstlichen Hof knüpfen konnte. So wurde er 1717 Kapellmeister in Dresden.

Seine Werke sind hauptsächlich Opern, Kantaten, Orchestermusiken, sowie Kammer- und Kirchenmusik. Er starb am 16. Juli 1729 in Dresden.